鬼伞菌：尽量选用新鲜培养料，使用前曝晒2天，或用石灰水浸泡原料；控制培养料的含氮量，发酵料或发酵栽培时，麦麸或米糠添加量不要超过5％，禽畜粪以3％为宜。无论用何种材料栽培，最好2次发酵，大大减少鬼伞的污染；发酵时控制培养料的含水量在70％以内，以保证高温发酵获得高质量的堆料，同时，培养料拌料时，调节培养料的ph值至10左右。
霉菌：常见的有绿色木霉、毛霉和链孢霉。防治霉菌常用的药液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1∶200倍的50％多菌灵、75％甲基托布津、ph值为10的石灰水，此外，往污染处撒石灰面，防治效果也很好。
菇螨：将棉球蘸敌敌畏，放在床架底料面上，然后用塑料布覆盖床面，利用药物挥发熏蒸料面，毒死螨虫；用50％的氧化乐果1000倍液、菊乐合酯1500倍液、螨特500倍液喷雾杀螨；用洗衣粉400倍液连续喷雾2-3次，也有很好的杀螨效果；将新鲜猪骨放在菇螨出没危害的床面上，相间排放，待螨虫群集其上时，将骨头置开水中片刻即可杀螨虫，反复进行几次，直到床面上无螨为止。
菇蝇：在菇场四周设排水沟，排除积水，并定期用0.5％敌敌畏喷杀；培养料进行2次发酵，杀死料内幼虫和卵；用黑光灯诱杀。