菌落总数是指在一定培养条件下（如需氧情况、营养条件、酸碱度、培养温度等），每克（每毫克）检验样品所生长出来的菌落数。菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，以便对被检样品作出适当的卫生评价。
食用菌落总数超标的食品，可能会引起急性中毒、呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。
菌落总数超标，原因可能是食品从原辅料到运输、贮存、加工成成品以及销售等各个环节受到了微生物污染，如：生产环境卫生状况不良，生产设备连续使用，不经常清洗、消毒，容易产生微生物滞留和滋生，造成食品污染；生产操作人员不按生产要求进行操作、对生产设备清洗不干净或消毒不严、加工过程中生熟不分；食品储存和运输中没有按照食品相应的条件（如冷链）进行储运等，都会导致菌落总数超标。