福建检验检疫局强化口岸单位联动，实施全流程监管。在外供单位监管中，检验检疫部门加强与港口管理局、海关、边检和码头单位的联动，从海关申报、边检登轮、检验检疫行政许可、港口码头入口等方面共同把关，对采购、储存、运输、申报环节对外供单位实施全流程监管，既避免了无资质单位和个人向国际航行船舶供应，也避免了不合格产品的供应。
为强化食品源头管理，福建检验检疫局实施符合性验证，要求供船食品单位到有资质的采购点（拥有营业执照、卫生许可证、流通食品许可证的单位）进行采购，建立供货方档案，并索取禽肉类检疫证明，蔬菜农药残留检测证、进口食品卫生证书等，做好验收工作。
福建检验检疫局强化现场卫生监督，实施定期性抽检。为确保卫生监督常态化，该局对供船食品单位干货库的卫生状况、出入库台账资料、箱式货车的清洗消毒记录以及饮用水供应单位余氯检测能力、供水软管的浸泡消毒等进行日常监督。对供船食品定期进行食品安全现场快速检测，目前能对食品中农药残留、甲醛、二氧化硫、大肠菌群、菌落总数等12个必检项目进行检测。 福建检验检疫局强化人员资质监管，实施从业前培训。从业人员健康体检和卫生知识培训。供船食品从业人员按照检验检疫部门要求进行健康体检和卫生知识培训，体检每年1 次，卫生知识培训每两年1次，经体检合格和卫生知识培训合格方可上岗工作，发现患有痢疾、伤寒、病毒性肝炎等消化道传染病（包括病原携带者）、活动性肺结核、化脓性或者渗出性皮肤病以及其他有碍食品卫生的疾病的人员立即调离工作岗位。
