稻曲病是一种由稻曲病菌引起的穗部病害。全世界范围内，稻曲病造成了严重的经济损失，我国三分之一的稻米种植地区深受此病害的影响。稻曲病菌不仅影响水稻的产量与品质，还会产生大量真菌毒素，对人体或动物有害。
为了加深对这种病害的理解，该研究团队对稻曲病菌的基因组进行了测序，发现其基因组中减少了多糖类物质分解酶、营养吸收和次生代谢等相关的基因，尤其是缺少果胶分解酶活性。这些特征反映了该病原菌侵染寄主水稻的花丝，从中获取营养的活体侵染寄生方式。通过表达谱与功能分析，他们预测效应蛋白与毒素合成基因参与稻曲病菌的致病性。另外，研究团队对其它4个稻曲病菌的菌株进行了低覆盖率的测序，又对比分析另外11个真菌物种。
孙文献介绍，研究团队对稻曲病菌菌株间的基因组进行比较，发现稻曲病菌之间的遗传变异较小，说明其侵染水稻的进化史较短。对11个真菌物种基因组进行比较，发现稻曲病菌在目前已测序的物种中与一种昆虫病原真菌--绿僵菌进化关系最近。孙文献认为，病原真菌在侵染的进化史上有过一个宿主跨动、植物界的跳跃现象，而病原菌分泌的效应蛋白在其宿主适应过程中起到关键作用。
